Der Vorstand der Gesellschaft Deutscher Chemiker setzt sich aus Personen zusammen, die sich durch ihre Leistungen im Fächerspektrum der Chemie hervorgetan haben. Bestehend aus 15 ordentlichen Mitgliedern gehören sieben dem Wissenschaftsbereich (Hochschule, Forschungseinrichtungen, Behörden) und weitere sieben dem Bereich der Wirtschaft und der freien Berufe an, während ein Mitglied für jeweils zwei Jahre von den Vorsitzenden der Fachgruppen und Sektionen delegiert wird. Direkte Wiederdelegation ist möglich.

Der Vorstand wählt das Präsidium, nämlich den Präsidenten/die Präsidentin, zwei stellvertretende Präsidenten/Präsidentinnen und den/die Schatzmeister/-in. Der Präsident und seine beiden Stellvertreter werden aus den Reihen der amtierenden Vorstandsmitglieder gewählt.

Die Mitgliederversammlung ist als oberstes Organ die Versammlung aller erschienenen Mitglieder der Gesellschaft.

An der Spitze der Geschäftsstelle steht die Geschäftsführung, welche die Gesellschaft in allen Angelegenheiten der laufenden Verwaltung vertritt.

Die Mitglieder des Ehrengerichts werden von der Mitgliederversammlung in jedem Jahr neu bestellt. Die Wiederbestellung ist zulässig.